De Bewonersorganisatie Hortusbuurt/Ebbingekwartier heeft zonder resultaat bezwaar gemaakt tegen het bouwen van een nieuwe fietsenstalling en het kappen van een boom in de oude Hortustuin om plaats te maken voor een fietsenstalling. Volgens de gemeente valt dat binnen het bestemmingsplan. De boom is inmiddels gekapt.
De fietsenstalling is bestemd voor het personeel en wordt twee keer zo groot als de tot nu toe gebruikte stalling. Deze zomer heeft de universiteit bij de nieuwbouw aan de Grote Rozenstraat tegen de zin van de bewonersorganisatie al een deel van de tuin geplaveid voor een terras bij de nieuwe kantine daar.
Tussen 2002 en 2006 was er een slepende ruzie tussen het stadsbestuur, de universiteit en de bewoners van de Hortusbuurt over bouwplannen van de RUG in de Hortustuin. Na langdurige bemiddeling door oud-gedeputeerde Van Dijk werd uiteindelijk de strijdbijl begraven.